Sono spesso riscontrati in corso di malattia da reflusso gastroesofageo e la gravità del coinvolgimento motorio del corpo esofageo è in genere proporzionale alla gravità del processo infiammatorio esofageo. Le anomalie riscontrabili sono aspecifiche con contrazioni di ampiezza diminuita e un aumento di contrazioni non propagate e quindi inefficaci. Tali disordini possono essere responsabili di una certa sintomatologia disfagica (disfagia non-ostruttiva, o dinamica). In genere migliorano dopo il trattamento chirurgico di plastica anti-reflusso. Alterazioni della motilità esofagea, in genere limitate alla porzione prossimale, possono essere riscontrate in corso di dermatomiosite e polimiosite, lupus eritematoso sistemico, artrite reumatoide. Il coinvolgimento esofageo in corso di amiloidosi può mimare una sintomatologia e un quadro radiologico simile a quello dell'acalasia. La terapia di queste alterazioni è quella della malattia di base. Caratteristiche sono invece le alterazioni in corso di sclerodermia, specialmente nella variante CREST (calcinosi, fenomeno di Raynaud, alterazioni della motilità esofagea, sclerodattilia, teleangectasie), responsabili della sintomatologia disfagica in tali pazienti. Si caratterizzano con la perdita progressiva della capacità contrattile esofagea, particolarmente nei 2/3 inferiori, a muscolatura liscia. Radiologicamente, l'esofago è ipotonico, con scarsa o assente attività peristaltica. Il coinvolgimento dello sfintere esofageo inferiore può associarsi a malattia da reflusso gastroesofageo, che va sempre ricercata con pH-metria esofagea, particolarmente grave in tali pazienti per la ridotta o assente peristalsi. Per tale motivo, la terapia farmacologica contro il reflusso deve essere aggressiva e continua, per evitare le complicanze in particolare la stenosi peptica. In casi selezionati e comunque, tenendo in considerazione le gravi alterazioni della motilità esofagea, ci può essere indicazione al trattamento chirurgico della malattia da reflusso gastroesofageo. Caratteristico e tipico è il tracciato della manometria esofagea ad alta risoluzione  nei pazienti sclerodermici.